Одной из основных проблем, возникающих при проведении МРТ, является клаустрофобия — страх перед замкнутыми пространствами. Часто этот страх сопровождается другими фобиями, такими как боязнь громких звуков, что делает исследование еще более сложным. Пациенты порой отказываются от процедуры или прерывают её, однако индивидуальный подход врачей может помочь. Использование открытых томографов, таких как G-scan, или седация также являются вариантами для таких случаев. В некоторых ситуациях пациенты справляются с тревогой, слушая любимую музыку или отвлекаясь.
Кроме того, существует страх, связанный с металлическими имплантами, но большинство современных конструкций сделаны из титана и безопасны для МРТ. Тем не менее, желательно предоставлять сертификаты совместимости. МРТ также можно делать пациентам с татуировками, поскольку современные красители не содержат металла. Противопоказаниями к процедуре являются кардиостимуляторы и клипсы на сосудах мозга.
Важно отметить, что во время МРТ отсутствует лучевая нагрузка, в отличие от КТ и рентгенографии, что делает исследование безопасным. Пациенты не должны отказываться от диагностических возможностей из-за необоснованных страхов.